O valor pago pelo Bolsa Família são definidos por meio da Lei 10.836/04 e repassados mensalmente para as famílias. Os pagamentos são realizados através do planejamento, implementação e controle dos pagamentos e saques. Os pagamentos são administrados pela Caixa Econômica Federal (Caixa) que atua como agente operador para o MDS. A Caixa é responsável pela elaboração de relatórios para acompanhar e avaliar o Bolsa Família.

Nos municípios brasileiros há uma agência vinculada a caixa responsável pelo pagamento dos benefícios e distribuição dos cartões do programa. Os saques dos valores podem ser feitos através dos saques eletrônicos com o cartão social Bolsa Família, por meio de depósito na conta Caixa Fácil ou por meio de guia de pagamento. Os valores podem ser sacados em até 90 dias a partir da disponibilização, mas caso o saque não ocorra o benefício é devolvido ao MDS e a família não tem mais acesso.

Desde 2011 o programa também inclui o valor de R$ 32,00 para mulheres e gestantes até 6 meses do período de amamentação. 

Sibec: Sistema de Benefícios ao Cidadão é um mecanismo para administração dos benefícios que permite que o usuário consulte seus benefícios, relatório sobre o estado ou município e outros conteúdos.

São disponibilizados os seguintes benefícios:

• Benefício Básico: Pago para famílias consideradas extremamente pobres.
• Benefício Variável: Concedido para as famílias que tenham crianças entre 0 e 15 anos e gestantes. Mas, pode ser pago até 5 benefícios por família.
• Benefício Variável Vinculado ao Adolescente: Pago para as famílias que tenham jovens com idades entre 16 e 17 anos.
• Benefício Variável de Caráter Extraordinário: Para famílias que foram migradas de programas remanescentes.
• Benefício de Extrema Pobreza na Primeira Infância: Dado para que famílias que tenham crianças entre 0 e 15 anos superem o valor de R$ 70,00 mensal por pessoa.